Андре Виллаш-Боаш родился в Порту. В возрасте 17 лет при участии известного тренера Бобби Робсона получил в Шотландии лицензию категории С, в 18 лет — категории В, в 19 — категории А, а в 21 возглавил свою первую команду — сборную Британских Виргинских Островов, где проработал около года.
По окончании сезона специалист получил приглашение переехать в Англию и возглавить «Челси», а после расставания с одним лондонским клубом в марте 2012-го перешел в другую столичную британскую команду — «Тоттенхэм», во главе которого дважды признавался лучшим тренером АПЛ по итогам месяца, однако в декабре 2013-го был отстранен от работы.
До того как в 2009-м занять пост главного тренера в клубе «Академика», Виллаш-Боаш работал в качестве переводчика в штабе Жозе Моуринью в «Челси» и «Интере». В новой команде Андре удалось дойти до полуфинала Кубка Португалии и уйти с последнего места в чемпионате страны, сохранив прописку в высшей лиге.
2 июня 2010-го Виллаш-Боаш подписал контракт с «Порту». Уже через два месяца команда взяла под его руководством первый трофей — Суперкубок Португалии. Удачный старт положил начало лучшему сезону в истории клуба — «Порту» не проиграл ни одного матча в чемпионате и взял в течение года еще три титула, включая Лигу Европы УЕФА, в общей сложности потерпев всего 4 поражения в 58 матчах.
С 20 марта 2014 года возглавляет «Зенит». При нем сине-бело-голубые завоевали пятый чемпионский титул в истории, что позволило нанести на логотип клуба золотую звезду, и в 2015-м стали обладателями Суперкубка России, в решающем матче переиграв на «Петровском» «Локомотив».
Виллаш-Боаш женат и воспитывает двух дочерей и сына. Владеет португальским, английским, испанским, итальянским и французским языками.
Своим увлечением называет автогонки и неоднократно заявлял, что в будущем планирует принять участие в ралли-марафоне «Дакар».