Юрий Лодыгин родился во Владимире, однако еще в детстве вместе с семьей переехал в Грецию. Там он начал заниматься футболом в школе футбольного клуба «Ксанти» и в 18 лет подписал первый профессиональный контракт с клубом.
В сезоне-2010/11 Лодыгин на правах аренды выступал за команду третьего дивизиона первенства Греции «Эордаикос», после возвращения из которой уверенно выиграл конкуренцию за право быть первым номером уже в «Ксанти». В 22 матчах в греческой «Суперлиге» он 13 раз сохранил ворота в неприкосновенности.
Лодыгин трижды выходил на поле в составе молодежной сборной Греции и вызывался в основную команду, однако не играл за нее, и таким образом сохранил возможность выступать за сборную России, в составе которой дебютировал всего через несколько месяцев после переезда в Петербург (19.11.2013, матч против Южной Кореи).
К «Зениту» присоединился в июне 2013-го.
