Голландец возглавил сине-бело-голубых 26 июня 2006 года. Уже получивший прозвище «Маленький Генерал», Адвокаат стал первым тренером «Зенита», переехавшим в Санкт-Петербург уже в статусе известного в Европе специалиста.
Первая же игра под его руководством стала исторической — клуб прощался со стадионом имени Кирова. При переполненных трибунах команда сыграла вничью с «Динамо» — 0:0. Адвокаат сделал ставку на значительные инвестиции в состав — при нем в «Зените» появились Фатих Текке, Ким Дон Джин, Ли Хо, Фернандо Риксен, вернулся Александр Панов.<br>
<br>
Усиление принесло определенный результат — сине-бело-голубые заняли 4-е место и запаслись амбициями на следующий сезон. Усиление продолжилось — в команду пришли Тимощук, Зырянов, Погребняк, Ломбертс, Домингес. И если начало сезона-2007 получилось не слишком впечатляющим, то ближе к осени «Зенит» заиграл по-новому, добившись в том числе невероятной кубковой победы над «Динамо» со счетом 9:3.<br>
<br>
К последнему туру команда подошла в ранге лидера, опережая «Спартак» на два очка. Победа во встрече с «Сатурном» гарантировала золото, и «Зенит», несмотря на отчаянное сопротивление, смог ее добиться. Титул вернулся в Петербург спустя 23 года.<br>
<br>
В марте 2008-го Адвокаат завоевал второй трофей — во встрече за Суперкубок России был обыгран «Локомотив». Этот успех задал тон на всю весну и лето. Продолжая двигаться в Кубке УЕФА, сине-бело-голубые поочередно обыграли «Вильярреал», «Марсель» и «Байер», в полуфинале разгромил на «Петровском» «Баварию», а в решающем матче в Манчестере обыграл бывший клуб Адвокаата, «Рейнджерс». <br>
Уже вошедший в историю состав «Зенита» снова прогремел на международной арене в августе — теперь в игре за Суперкубок УЕФА петербуржцам удалось победить «Манчестер Юнайтед», а Адвокаат получил звание почетного гражданина города.<br>
<br>
Пережить испытание успехами оказалось непросто: неважный старт в следующем чемпионате, разгромы аутсайдеров и поражения от серьезных соперников преследовали клуб. Следом «Зенит» вылетел из национального кубка и не слишком удачно дебютировал в Лиге чемпионов.<br>
<br>
Не лучшим образом начался и 2009-й — еврокубковые герои покидали «Зенит», результаты не улучшались, и в итоге летом было принято решение расторгнуть контракт с Адвокаатом.<br>
<br>
Год спустя тренер вернулся в Россию, чтобы возглавить сборную, с которой вышел на Евро-2012, после работал с ПСВ, АЗ и «Сандерлендом». <br>