Начальное футбольное образование Михаил получал в школе «Локомотив-Приморский», куда его записали в шесть лет. Первые шаги в футболе Кизеев делал под руководством Михаила Юрьевича Бирюкова, Семена Леонидовича Емельянцева и Бориса Борисовича Постного.
В детстве будущий голкипер «Зенита»-м играл нападающего, вратарское же ремесло Михаил выбрал, вдохновившись игрой экс-вратаря «Зенита» Камила Чонтофальски.
В 2015 году в составе СДЮСШОР Кизеев стал чемпионом России, а также получил приз лучшему вратарю турнира. Аналогичная награда досталась ему и на мемориале Валентина Гранаткина, где он защищал цвета сборной Санкт-Петербурга.
Многочисленные достижения вратаря не остались не замеченными тренерским штабом молодежного состава сине-бело-голубых. Летом того же года Михаил подписал первый профессиональный контракт с «Зенитом».
