Родился 17 сентября 1985 года в Чехословакии, в городе Жилина. С юных лет Томаш выступал за словацкую «Жилину», где и прошли все этапы его самосовершенствования. С 2004 по 2005 год числился в заявке, но на поле появлялся нечасто. А в январе 2006 года он на правах аренды переехал в Злате Моравце в скромный местный клуб «ВиОн», известный петербургским болельщикам как команда, бывшая первым соперником сине-бело-голубых в победном розыгрыше Кубка УЕФА 2007/08.
В июне 2006 года Томаш вернулся в «Жилину», где тут же стал основным игроком команды, заработав славу одного из лучших защитников чемпионата Словакии. В сезоне- 2006/07 выиграл чемпионат Словакии. В составе главной команды Словакии Губочан дебютировал 21 ноября 2007 года в матче против сборной Сан-Марино.
В феврале 2008 года присоединился к «Зениту».
